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气体纯度低的不良影响依据剖析对象，色谱柱的类型，操作仪器的挡次和详细检测器，若运用不合请求的低纯度气体，不良影响有以下几种可能：
1、样品失真或消逝：如H2O气使氯硅样品水解；
2、色谱柱失效：H2O，CO2使分子筛柱失去活性，H2O气使聚脂类固定液合成，O2使PEG断链。
3、气相色谱仪有时某些气体杂质和固定液互相作用而产生假峰；
4、对柱保存特性的影响
5、检测器：TCD：信噪比减小，无法调另，线性变窄，文献中的校正因子不能运用，氧含量过大，使元件在高温时加速老化，减少寿命。FID：特别是在Dt≤1Ⅹ10ˉ⒒/秒下操做时，CH4等有机杂质，会使基流激增，噪声加大不能停止微量剖析。ECD：载气中的氧和水对检测器的正常工作影响Z大，在不同的供电工作方式中，脉冲供电比直流电压供电影响大，固定基流脉冲调制式供电比脉冲供电影响大。
这就是为什么目前诸多在操作固定基流脉冲调制式ECD时，在载气纯度低时把载气纯度选择开关从“规范氮”拨到“普通氮”位置的缘由。大家会发如今此状况下操作，不但灵活度变低，而且线性亦变窄了。
理论证明：在操作ECD时，载气中的水含量低于0.02ppm,氧低于1ppm时可到达较理想的性能。值得指出的是,我们屡次发现由于仪器的调理气路系统被污染而形成的对载气的二次污染至使ECD基频大幅度增加使信燥比减小。
FPD和NPD等常用检测器,由于他们属于选择性检测器,在气相色谱仪操做时要依据剖析请求,特别留意被测敏感物质中杂质的去除。
