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长时间使用气相色谱仪，分界线的内径慢慢变小或甚至出现堵塞。在分界线堵塞后，气相色谱仪入口处就会出现异常压力，峰形劣化，从而致使分析结果异常。气相色谱仪在维修期间，无论是否可以确定分界线被阻挡，确保分界线清洁完毕。
气相色谱分离线的清洗通常选择有机溶剂如丙酮或甲苯。通过简单的清洁很难清洁气相色谱仪严重堵塞的分界线，并且需要一些其他辅助机械方法。通过选择合适的导线厚度可以很容易地去除分流线，然后用有机溶剂如丙酮或甲苯洗涤，由于不容易预先准确地判断转向部分的状态，因此在维修过程中手动分离的气相色谱仪一定要清洁分割线。
